Guck mal nach, ob die Cover hier (als einzelne Bilddateien) liegen: %appdata%\vlc\art\artistalbum
Wenn ja, kannst Du sie in Mp3tag mit einer entsprechenden AKTION und dem Befehl "Cover importieren" in Deine mp3, bzw deren id3tag einfügen.
Wie das genau geht: /t/8573/1 /t/7477/1