Bis hierher ist das Verhalten deckungsgleich mit dem was ich bei mir sehe.
Wenn du den Screendump in post #6 [AF] Datenbank aufräumen - tut was? ansiehst, ist aber der Eintrag in der Datenbank schon aktualisiert.
Und von jetzt an sucht MP3tag in dem (eigentlichen) Zielverzeichnis, während die Datei immer noch im Ausgangsverzeichnis ist.
Das schlägt fehlt, die Tags werden im MP3tag blank.