Hallo Christoph, Dank für dein Vertrauen, ich habe dein Szenario nachgebaut, und habe keine Probleme mit dem Umbenennen der Ordner gehabt.
Zunächst.
1 Ordner umbenennen ohne Problem.
1.1 Sortierung / Anzeige im Explorer
K:\test\2001 No More Shall We Part
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc
1.2 Sortierung / Anzeige im Mp3tag
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc\01. Grie...
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc\02. Bles...
K:\test\2001 No More Shall We Part\01. As I...
...
K:\test\2001 No More Shall We Part\12. Dark...
1.3 Tracks selektieren (ein Track je Ordner reicht aus)
und Aktion starten
Umbenennen durch "Tag-Feld formatieren".
_DIRECTORY
$regexp(%_directory%,'^(\d+)\s+(.+?)$','($1) $2')
1.4 Sortierung / Anzeige im Mp3tag
K:\test(2001) No More Shall We Part - Bonus Disc\01. Grie...
K:\test(2001) No More Shall We Part - Bonus Disc\02. Bles...
K:\test(2001) No More Shall We Part\01. As I...
...
K:\test(2001) No More Shall We Part\12. Dark...
1.5 Sortierung / Anzeige im Explorer
K:\test(2001) No More Shall We Part
K:\test(2001) No More Shall We Part - Bonus Disc
Soweit alles in bester Ordnung.
Nun zum Problemfall.
2 Ordner umbenennen mit Problem
2.1 Sortierung / Anzeige im Explorer
K:\test\2001 No More Shall We Part
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc
2.2 Absteigende Sortierung / Anzeige im Mp3tag
K:\test\2001 No More Shall We Part\12. Dark...
...
K:\test\2001 No More Shall We Part\01. As I...
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc\02. Bles...
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc\01. Grie...
2.3 Tracks selektieren (ein Track je Ordner reicht aus)
und Aktion starten
Umbenennen durch "Tag-Feld formatieren".
_DIRECTORY
$regexp(%_directory%,'^(\d+)\s+(.+?)$','($1) $2')
2.4 Absteigende Sortierung / Anzeige im Mp3tag
K:\test(2001) No More Shall We Part\12. Dark...
...
K:\test(2001) No More Shall We Part\01. As I...
K:\test\(2001) No More Shall We Part - Bonus Disc\02. Bles...
K:\test\(2001) No More Shall We Part - Bonus Disc\01. Grie...
2.5 Sortierung / Anzeige im Explorer
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc
K:\test(2001) No More Shall We Part
Der Ordner mit dem längeren Namen wurde tatsächlich nicht umbenannt.
3 Wiederholung von Schritt 2
3.1 Letzte Situation aus Schritt 2 so behalten.
3.2 Aktion nochmal starten (Tracks sind noch selektiert)
3.3 Keine Änderung im Mp3tag
3.4 Keine Änderung im Explorer
4 Nochmal Wiederholung von Schritt 2
4.1 Mp3tag Ansicht aktualisieren.
4.2 Sortierung / Anzeige im Mp3tag
K:\test(2001) No More Shall We Part\12. Dark...
...
K:\test(2001) No More Shall We Part\01. As I...
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc\02. Bles...
K:\test\2001 No More Shall We Part - Bonus Disc\01. Grie...
4.3 Tracks selektieren (ein Track je Ordner reicht aus)
und Aktion noch einmal starten
4.4 Sortierung / Anzeige im Mp3tag
K:\test(2001) No More Shall We Part\12. Dark...
...
K:\test(2001) No More Shall We Part\01. As I...
K:\test\(2001) No More Shall We Part - Bonus Disc\02. Bles...
K:\test\(2001) No More Shall We Part - Bonus Disc\01. Grie...
4.5 Sortierung / Anzeige im Explorer
K:\test(2001) No More Shall We Part
K:\test\(2001) No More Shall We Part - Bonus Disc
Wie ich im Thread oben schon einmal sagte kommt es auf die Sortierung der Pfadnamen im Mp3tag an, dann funktioniert das Umbenennen von Ordnern mit linksbündig teilweise übereinstimmenden Namen ohne Problem.
Aber 'ich würde meinen': da hast du einen Fehler im Mp3tag gefunden.
Gib es zu, das hast du die ganze Zeit schon gewusst. 
Zusammenfassung
Gegeben sind zwei Ordner mit linksbündig teilweise übereinstimmenden Namen:
2001 A
2001 AB
Diese sollen umbenannt werden, z. B. führende Zahlen in Klammern setzen.
Anzeige mit absteigender Sortierung im Mp3tag:
2001 AB
2001 A
Nach der Aktion zeigt Mp3tag an:
(2001) AB
(2001) A
Beide Ordner wurden umbenannt:
(2001) AB
(2001) A
Anzeige mit aufsteigender Sortierung im Mp3tag:
2001 A
2001 AB
Nach der Aktion zeigt Mp3tag an (fehlerhaft):
(2001) A
(2001) AB
Tatsächlich wurde aber nur der Ordner mit dem kürzeren Namen umbenannt (fehlerhaft):
(2001) A
2001 AB
DD.20090706.0028.CEST