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Wenn Du alle Tag-Formate auslesen lässt, werden diese in der Priorität ID3v1 < ID3v2 < APEv2 angezeigt. Ein evtl. vorhandener APEv2 Tag überdeckt also einen evtl. vorhandenen ID3v2 Tag. Aus diesem Grund empfehle ich Dir APEv2 beim Auslesen zu deaktivieren (da Du Dich ja für ID3v2 entschieden hast).
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Tag-Formate die zum Entfernen ausgewählt werden, werden beim Speichern nicht automatisch entfernt, sondern müssen explizit über
Datei > Tag entfernen entfernt werden. Sie werden nicht nur "leergeräumt" sondern wirklich aus den Dateien entfernt. -
Das Cover wird vom Windows Media Player oft als versteckte Datei im Verzeichnis abgelegt. Versteckte Dateien lassen sich unter Windows über eine Einstellung im Windows Explorer anzeigen.