Ich habe noch in keinem Fall negative Erfahrungen gemacht und lasse mp3val inzwischen sofort reparieren, also ohne vorheriges Scannen, Begutachtung der Fehlermeldung und anschließendes Reparieren.
Ansonsten kannst Du ihn ja auch anweisen, bei Änderungen eine Sicherungskopie anzulegen. (Endung *.baK)