Es gibt hier den Fehlerbericht eines Anwenders, der MP3tag auch mit wine benutzte.
Error beim Wählen vom Album Cover
Da ich keine Ahnung habe, inwieweit Änderungen in MP3tag Schwierigkeiten mit Wine machen, kann ich nicht wirklich weiterhelfen, sondern nur sagen: "Du bist anscheinend nicht allein".
Wen die 2.5er Version noch geht und du keine Beeinträchtigungen siehst, bleib (vorerst) dabei.