Filtere die in Mp3Tag geladenen Dateien nach Dateien mit nicht eingebettetem Cover:
%_covers% MISSING
Du kannst auch eine Spalte anlegen
Anschließend eine Aktion vom Typ "Album-Cover aus Datei importieren" anlegen und starten:
Der anzugebende Formatstring hängt natürlich von Deiner Systematik bei den Namen der Cover-Dateien ab.
Allerdings könntest Du das ganze Filtern m.E. übergehen, denn Du willst doch sicherlich auch, dass alle Dateien im entsprechenden Ordner die gleiche Cover-Datei enthalten. Das kannst Du am ehesten erreichen, wenn Du auch die Cover in den Dateien mit eingebettetem Cover einfach durch die Aktion ersetzt.