Unabhängig von Deinem jetzigen Problem ist die Methode über die Zwischenablage nicht optimal, da die in der Regel als JPG komprimierten Bilder auf diese Weise mehr Speicherplatz erfordern, als wenn sie in den Cover-Tag von einer abgespeicherten Datei eingefügt würden. Die MP3s werden somit etwas größer als nötig.
Ansonsten prrobier mal Albumartdownloader und binde dieses als Tool in MP3Tag ein. Das wird Deine Arbeit wesentlich erleichtern
AlbumartDownloader bei Sourceforge