Sehr gute Analyse des Problems! Freut mich, dass Du einen Workaround gefunden hast 
Hier eine kurze Erläuterung zu den Hintergründen:
Mp3tag führt beim Auswählen von Dateien zwei Schritte aus, die in diesem Kontext relevant sind:
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Überprüfung von Unterschieden in den Tag-Feldern
Um entweder den konkreten Inhalt eines im Tag Panel angezeigten Tag-Feldes anzuzeigen, oder bei Unterschieden dann auf < beibehalten > zu wechseln, werden die Inhalte der Felder miteinander verglichen. Sobald ein Unterschied festgestellt wird, kann der Vergleich abgebrochen werden. -
Füllen der Drop-Down Listen der Tag-Felder
In diesem Schritt werden die eindeutigen Werte für alle im Tag Panel angezeigten Tag-Felder gesammelt und in die Drop-Down Listen der Tag-Felder gefüllt.
Je eindeutiger die Werte eines Tag-Feldes sind, je länger die einzelnen Werte und je größer die zu behandelnde Datenmenge, desto mehr Arbeit gibt es da zu tun.
Eine Art Worst-Case ist auf jeden Fall das von Dir erwähnte Feld Acoustid_Fingerprint, welches alle der oben genannten Eigenschaften erfüllt.
Ich habe in der aktuellen Version Mp3tag v3.03e einige Optimierungen vorgenommen, mit denen das Ganze nun performanter sein sollte. Du kannst das besagte Feld gerne auch nochmal hinzufügen und über die Unterschiede berichten. Wenn Du das Feld als mehrzeiliges Feld hinzufügst, wird in der aktuellen Version auf das Aufsammeln der einzelnen Werte für die Drop-Down Liste verzichtet.