Hallo Stefan!
Ja, das kann durchaus was mit dieser Einstellung zu tun haben. Manche Programme lesen das ID3v2-Genre nur, wenn es im Klartext abgelegt ist und ignorieren Genres die den Aufbau (xx) haben (wobei xx die Genre-Nummer des ID3v1-Tags ist).
Mehr zu Genres im Klartext hier.
Leider habe ich keinen iPod um dies zu testen ... 
Viele Grüße,
~ Florian