Check mal bei Datei>Optionen>Mpeg welche Tags du liest und schreibst.
Wenn du z.B. APE schreibst, überdeckt der (nicht vorhandene) Inhalt alle anderen Tags.
Eine Anmerkung zu CDex: nach einer Konvertierung solltest du grundsätzlich mp3val auf die Dateien loslassen, da CDex immer den VBR-header falsch schreibt.
Ebenso erzeugt CDex das überflüssige Feld LENGTH, das nichts zu tun hat mit dem beim Konvertieren gesetzten Wert LENGTH und deshalb gelöscht werden kann/sollte.