Hier ist ein Thread zu Replaygain:
Mit den Überlegungen müsste es möglich sein, die bestehenden REPLAYGAIN Daten zurückzunehmen und dann zu löschen, so dass die verwirrenden APE-Tags in toto entfernt werden können.
Anschließend kann Replaygain erneut ausgeführt werden, dieses Mal jedoch sollten die Felder in das ID3V2-Tag und nicht ins APE-Tag geschrieben werden.
Wenn APE-Tags vorhanden sind, die aber nicht mit den ID3V2-Tags synchron gehalten werden, stiften sie regelmäßig Verwirrung.