Um ganz sicher zu sein:
Kannst Du bitte jeweils das Cover aus Deinen beiden Dateien per Drag&Drop aus dem Mp3tag-Panel in ein Verzeichnis Deiner Wahl kopieren und beide Dateien mit dem exiftool.exe prüfen?
Am effizientesten 1 x aus der ersten Datei die nicht funktioniert und 1 x aus der zweiten Datei die funktioniert.
Damit können wir diese Ursache besser beurteilen.
Hinweis:
Aus der Windows-Executable-ZIP von hier ExifTool by Phil Harvey einfach die exiftool(-k).exe in Dein Testverzeichnis auspacken und die gespeicherten Bilder auf diese exiftool(-k).exe ziehen.
