Du kannst über den Konverter Tag - Dateiname und einem Formatstring wie
%artist% - %year% - %album%\\%_filename%
neue Verzeichnisse durch Mp3tag erstellen lassen und die Dateien dorthin verschieben lassen. Evtl. verbleibende leere Verzeichnisse müssen danach per Hand oder durch ein anderes Werkzeug gelöscht werden.