Ich habe mit der Mp3tag v3.34-beta.1 das vorige Verhalten wieder hergestellt, sodass beim Speichern ein neuer ID3v2 Tag geschrieben wird.
Darüberhinaus gibt es unter Optionen → Tags → Erweitert nun eine Option Unveränderte ID3v2 Frames wiederverwenden, für alle die möglichst minimale Änderung durchführen möchten.
Bitte lass mich wissen, ob die neue Version nun wie gewohnt für Dich funktioniert.