Verzeichnis mehrfach umbenennen lässt leere Ordner zurück

Das kann es nicht (alleine) sein, wobei ich mir nicht sicher bin, was Du als "gleiche Ordnerebene" bezeichnest.
Meine o.a. Abschlussverschiebungsaktion bewegen sich immer auf diesen Ebenen:
Ausgangsordner: D:\MP3s\Bearbeitung\%albumartist%\%album%
Zielordner: D:\MP3s\Alben\%albumartist%\%album%

Ich beziehe mich auf die Fälle (99,99% aller Fälle) bei denen die Tagfelder ALBUMARTIST und ALBUM tatsächlich gefüllt sind. Dennoch habe ich immer leere Unterordner im Ausgangsordner und doch nicht in allen Fällen. Bisher konnte ich die Energie nicht aufbringen, eine Systematik in der Sache zu untersuchen.

Ich erinnere mich, dass das Verhalten schon immer konträr in Threads dargestellt wurde. Meine eigene Erfahrung war immer, dass leere Ordner zurückbleiben können.
Exemplarisch hier mal ein Thread mit der Erläuterung von DetlevD: