Ich habe ein Album vor mir liegen, wo das Cover zwar angezeigt wird, aber man kann es weder im Tag-Panel noch in Erweiterte Tags mit Alt + T löschen.
Ein Fehler wird in der File Liste nicht angezeigt.
Die rechte Maustaste im Tag Panel lässt nur zusätzliche Cover hinzufügen:
Alt + T (keine APE oder sonstige Verdächtige).
Selbst Ctrl + X und Ctrl + V löscht das Cover nicht oder macht es bearbeitbar.
Mp3Diags meint, ich hätte keinen ID3v2.3 tag in den Stücken, dem widerspricht Mp3tag aber sichtbar in den erweiterten Tags.
Meine aktuellen Mp3tag-Lese/Schreib-Optionen:
Kennt jemand sonst noch eine Möglichkeit in Mp3tag, wie ich dieses Cover entfernen könnte?
Es sieht für mich so aus als hättest du in den Optionen > Tags noch nicht ausgewählt "Bilder aus Verzeichnis nicht als Album-Cover anzeigen
_"
Du könntest dir zum Überprüfen entweder eine Spalte einrichten, die als Wert %_covers% zeigt oder mal filtern
%_covers% PRESENT
um die Dateien mit eingebettetem Bild zu sehen - vielleicht ist die widerspenstige Datei nicht mehr dabei.
Absolut korrekte Annahme! 
Nach der Änderung Deiner erwähnten Option (zurück auf):
wird wieder alles wie gewünscht - ohne Cover - dargestellt.
Für einen kurzen Test habe ich diese Option in den letzten Tagen ausgeschaltet (und natürlich vergessen wieder einzuschalten).
Wenn man das erstmal weiss und ganz genau hinschaut, fällt einem auf, dass das Bild
folder.jpg
genannt wird und nicht wie sonst üblich image/jpeg und zuunterst Front Cover

Dem irreführenden ID3v2.3-Hinweis in Mp3Diags gehe ich nicht weiter nach.
Hier kann man aber auch in die Falle tappen und annehmen, es gäbe kein eingebettetes Bild, wenn die Bildbeschreibung des eingebetteten Bildes "folder.jpg" heißt. Wichtig ist wohl, ob es die Anzeige des Mime-Types gibt.
So auf den ersten Blick hätte ich mir gewünscht in den erweiterten Tags würde das Cover NICHT angezeigt, weil es ja tatsächlich auch NICHT als APIC in der Datei vorhanden ist.
Oder ein deutlicherer Hinweis würde auf die angezeigte, externe Datei verweisen.
Aber wie heisst es so schön:
"Hamma wieder was gelernt" (wie Markus Kavka jeweils meint).