Einfach genial! 
Jetzt kann ich die Aktualisierung der Zeitstempel wieder zulassen. Die manuelle Nachbearbeitung alter Dateien ändert dann ebenfalls deren Zeitstempel, sodass sie später automatisch synchronisiert werden.
Allerdings muss ich beim Ein- und Ausschalten (für manuelle Nachbearbeitung) des Filters und dem Gebrauch von Ctrl+A und Ctrl+S genau aufpassen- sonst werden gleich 300 Dateien auf einmal "aktualisiert". Ich denke, ich kann damit leben. 
Besten Dank für diese Idee!