Hallo sundance,
vielen Dank für Deine Fehlermeldung! Leider kann ich den Fehler hier auch mit ungetagten FLACs nicht nachvollziehen. Könntest Du mir vielleicht eine der Problem-Dateien zukommen lassen (wie, können wir gerne auch per eMail machen).
Edit: MP3Gain schreibt seine Informationen in den APEv2-Tag. Mp3tag versucht zunächst den ID3v1, dann den ID3v2 und dann den APEv2-Tag auszulesen. Wird in der MP3 ein APEv2-Tag gefunden, hat dieser höchste Priorität und wird an Stelle von ID3-Tags angezeigt.
Viele Grüße,
~ Florian