Hallo Florian,
Soweit ich weiß startet MP3Tag für jede einzelne Datei das ausgewählte Programm separat. Wenn man also dem Programm "C:\a.exe" die Dateien "C:\1.mp3" und "C:\2.mp3" übergeben wird, macht MP3Tag folgendes:
C:\a.exe C:\1.mp3
C:\a.exe C:\2.mp3
Wäre es machbar MP3Tag so zu verändern, dass folgendes überreicht wird:
C:\a.exe C:\1.mp3 C:\2.mp3
Somit wird nur eine Instanz des Programms geöffnet. Siehe dazu auch diesen Beitrag: Mehrere MP3's in einem Musikbearbeitungsprogramm ö
Gruß
Sebastian