Wenn du die Daten in APE tags nicht brauchst, dann würde ich die APE-Tags löschen, um zukünftige Verwirrung zu vermeiden (und, falls du das einsetzt, den Replaygain Scanner so einstellen, dass er keine APE tags mehr schreibt).
Löschen geht so:
Alle Dateien laden,
Filtern mit
%_tag% HAS APE
Die Einstellungen ändern (immer die Einstellungen in Datei>Optionen>Tags>Mpeg)
APE: Lesen, löschen
alle anderen: alles aus.
Dateien (erneut) laden. Ggf in der Spalte Tag kontrollieren, dass nun APE als gezeigtes Tag verwendet wird.
Alle Dateien markieren.
Rechtsklick auf die markierten Dateien in der Dateiliste>Tag entfernen
Dann Filter entfernen (F3)
In den EInstellungen: ID3V1 und ID3V2 wieder auf den vorigen Stand zurückstellen, APE: nur löschen.
Einstellungen speichern,
F5 drücken zum Neuladen der Dateien,
Zur Kontrolle noch mal den Filter aktivieren (F3) - da dürften jetzt keine Dateien mehr gezeigt werden.
-> APE entfernt.