Umd das Mirakel vielleicht etwas aufzulösen: MP3tag zeigt immer die APE-Tags, wenn sie da sind.
Da du jetzt ja weißt, dass keine Daten verloren gegangen sind, kannst du ja noch mal interessehalber gucken, welche APE-Daten denn da waren.
Dazu mach den Haken wieder bei APE:Lesen, lies die Dateien ein und dann öffne für 1 Datei den Dialog "Erweiterte Tags".
Ich vermute, dass du Mp3gain-Daten irgendwann mal hast ermitteln lassen.
Es gibt gute Programme, die diese Daten nicht in APE-Tags schreiben, sondern in ID3V2. Und dann hat man alles beisammen aber keine Verwirrung mehr.
Hier ist eine ANleitung, wie du APE-Tags wieder loswirst: