Wie ich hier ausführlich beschrieben habe finde ich es immer noch bedenklich, APE-Tags grundsätzlich zu löschen, ohne jemals ihren Inhalt angezeigt zu haben, da sie z.B. bei MP3s Informationen zum Rückgängigmachen von auf die Dateien angewendeten Lautstärkeänderungen (durch mp3gain) beinhalten können, die verloren gehen, wenn man die Tags einfach löscht.
Daher würde ich eher dazu raten, Dateien mit APE-Tags erstmal in einem Tagging Programm wie kid3 zu öffnen, das in der Lage ist, id3v1, id3v2 und ape Tags gleichzeitig anzuzeigen und zu prüfen, ob man die Tags wirklich löschen will.