Es sind in keinem Fall drei Tags TCON vorhanden, sondern immer nur eines. Wie du schon richtig geschrieben hattest, wird eben lediglich der doppelte Backslash durch ein ASCII Nullzeichen ersetzt. Mehr passiert da nicht.
Offenbar tritt der Fehler nicht immer auf. Als ich das jetzt nochmal mit einer ansonsten jungfräulichen Datei (d.h. eine, die sonst keine anderen Tags enthielt) probiert habe, hat es diesmal geklappt:

Wenn die ASCII Null geschrieben wird, wird dann eben auch nur das erste Genre angezeigt:

Daraus kann nun, denke ich zumindest, zweifelsfrei den Rückschluss ziehen, dass es im Fehlerfall ein TCON Feld mit literalen Backslashes war - was auch zutrifft:

Zur weiteren Fehlereingrenzung:
Ich habe das jetzt auf derselben, anfangs jungfräulichen Datei nochmal ausprobiert und den Fehler reproduzieren können:
- Metal Archives Script ausgeführt
- MusicBrainz Script ausgeführt
- Last.fm Script ausgeführt
Dritte Runde:
- Alle Tags entfernen
- MusicBrainz Script ausgeführt
- Last.fm Script ausgeführt
=> Fehler tritt weiterhin auf
Vierte Runde
- Alle Tags entfernen
- Last.fm Script ausgeführt
=> Fehler tritt weiterhin auf

Es fällt mir nun sehr schwer, den Fehler beim Last.fm Script zu suchen, da es ja anfangs funktioniert hat (siehe ganz oben in diesem Post).
Der Hinweis von dir zu dem ggf. notwendigen Ctrl+S bringt uns aber weiter. Ich hatte ja in dem anderen Thread heute bereits dargelegt, dass Mp3tag nach Ausführen des Last.fm Scripts automatisch speichert, d.h. diese Messagebox kommt von alleine:

Es ist nun nicht einsichtig, dass man anschließend nochmal ausdrücklich speichern muss, da ja gerade erst gespeichert wurde. Für mich ist das kein Feature, sondern ein Fehler.