Es kann sich dabei kaum um ein generelles Problem handeln, da meine Test-MKV alle problemlos verändert und gespeichert werden.
Um 100% sicher zu sein, dass die neue Programm-Version Schuld daran ist:
Könntest Du testweise eine ältere Version von Mp3tag installieren, z.B. 3.25 oder 3.26 und die genau gleichen MKV am gleichen Speicherort versuchen zu verändern?
Es gab gestern ein ähnlich gelagertes Problem. In diesem Thema findest Du auch Hinweise, wo man ältere Versionen von Mp3tag downloaden kann, wenn Du sie nicht mehr bei Dir lokal vorrätig hast.